Informatique pour l'analyse du transcriptome
Traité IC2, série Informatique et Systèmes d'Information

Ce livre célèbre une rencontre, la rencontre des deux disciplines scientifiques que sont la fouille de données et la biologie moléculaire. La biologie moléculaire est confrontée depuis une dizaine d'années à une révolution de ses modes de productions de données, qu'il s'agisse de données génomiques, transcriptomiques ou protéomiques. Cette discipine s'est rapprochée de celle des informaticiens, et notamment des spécialistes en fouille de données et en extraction de connaissances (sélection de variables, classification, calculs de motifs). Le projet de cet ouvrage est né lors des Journées de Post-Génomique de la Doua (JPGD mai 2003) journées pluridisciplinaires autour de l'analyse du transcriptome. Il est apparu qu'il manquait un ouvrage en langue française qui ferait un point sur l'état des connaissances et surtout sur les enjeux scientifiques, tant du point de vue informatique que du point de vue biologique, qui accompagnent cette révolution " Post Génomique ". C'est donc un instantané de l'état des lieux, aux frontières de deux disciplines en mouvement.

États de l'art. Le transcriptome : le nouveau monde ? Les données d'expression. Techniques statistiques pour l'analyse du transcriptome. Fouille de données pour l'analyse du transcriptome. Modélisation et simulation de réseaux de régulation génique par équations différentielles ordinaires. Contributions. Utilisation d'une méthode d'estimation d'attributs pour l'analyse du transcriptome de cellules de levures exposées à de faibles doses de radiation. Extraction de connaissances dans les données d'expression SAGE humaines. Solutions pour le calcul d'ensembles fréquents dans des données biopuces. Classification et caractérisation automatique des fonctions de gènes coexprimés. Cartographie de connaissances à partir d'articles en ligne : application aux îlots de pathogénicité. Réseaux bayésiens dynamiques pour l'inférence de structure de réseaux de régulation. Bibliographies / Index.